Viljandi Päevakeskus alustas tegevust 1996. aasta alguses. Oma tegutsemise ajast pikka aega kandis asutus nime Viljandi Linna Munitsipaalasutus Päevakodu „Inkeri”, kuid alates 2012. aasta aprillist kanname nime Viljandi Päevakeskus.
Asutuse tekkeloo juures mängisid tähtsad rolli Soome Vabariik, Eesti Ingerisoomlaste Liit ja Viljandi linn. Soome Vabariik soetas Viljandisse hoone, milleks oli Viljandi vanalinnas Pikal tänaval 1909. aastal valminud kahe korruseline traditsionalistlikus stiilis ja juugendlike detailidega kivihoone, mille lasi oma perele ehitada kunagine Viljandi kinnistusameti sekretär Oskar Christian Gabler. 1996. aastaks Soome Vabariigi abiga kõnealune hoone renoveeriti ning kuulub Eesti Ingerisoomlaste Liidule, kellelt Viljandi linn kõnealuses hoones kuni 2015. aasta lõpuni ruume rentis. Esimesi töötajaid koolitasid Tuusula sotsiaaltöökooli õppejõud.